Cim je Jugoslavija usla u rat, jugoslovenski masoni su aktivno uzeli ucesca u nacionalnom pokretu otpora olicenom u generalu Drazi Mihajlovicu. Veliki majstor (izabran 1938) Andra Diric, sudija Kasacionog suda u Beogradu, stradao je u avionskoj nesreci u aprilu 1941, dok je pokusavao da iz Jugoslavije ode u London.

Neprekidna proganjanja Gestapoa (Hitler je bio besan zbog drzavnog udara 27.matra 1941, jer je on znacio raskid sa Trojnim paktom, a u prosaveznickoj Simovicevoj vladi bilo je mnogo masona), podela jugoslovenske drzave izmedju Madjarske, Italije, Bugarske, Albanije, stvaranje fasisticke drzave Hrvatske, vojna okupacija Srbije, gradjanski rat izbedju partizana i cetnika, doveli su do deportovanja, pogubljenja, ubistva velikog broja slobodnih zidara.

Stvaranje Federativne Narodne Republike Jugoslavije, nije znacilo i kraj progona.

Zatiranje gradjanske klase (konfiskacija imovine, zatvaranje, pogubljenja sa sudjenjem ili bez njega) pogodilo je i mnogobrojne masone.

Titov rezim se obrusio na masone, sto zbog njihovog dominantnog polozaja u politickom zivotu ali pre svega zbog toga sto su masoni stali uz rame Draze Mihajlovica.